Nos réalisations

Le microbiote humain : Un écosystème longtemps ignoré qui révolutionne aujourd’hui la médecine, la science et la nutrition.

Nos microbiotes de par leurs structures complexes et leurs rôles multiples dans la physiologie humaine forment notre second génome. Cet écosystème présent tout au long de notre vie apparait aujourd’hui comme une source de biomarqueurs utiles au diagnostic et pronostique dans de nombreuses pathologies ainsi que de réponses à certains traitements. Depuis 2017, l’équipe iBiote à dédié ses efforts à travers des travaux de recherche et développement (R&D) pour permettre de mettre à disposition un test de routine spécialisé accessible aux médecins et leurs patients.

Nos projets de recherche

L’équipe Ibiote participe activement à la recherche sur les microbiotes humains. Fort de notre collaboration avec de nombreux cliniciens et structures hospitalières nous participons aujourd’hui à de nombreux projets de recherche étudiant les microbiotes en lien avec la santé de l’homme.

Face à cette thématique en plein essor qui révolutionne aujourd’hui le milieu médical nous avons mis en place notamment les études MEDIBIOTE. Les études auxquelles nous participons se font avec la collaboration de cliniciens avec diverses spécialisés médicales sur des cohortes recrutées à travers notre réseaux hospitalier.

Travaux de standardisation

Le manque de standardisation en métagénomique est un problème récurrent dans l’étude des microbiotes. Parmi les nombreuses étapes dans lesquelles des biais peuvent être introduits, l’équipe iBiote s’est penchée sur le prélèvement, la stabilisation et l’extraction de l’échantillon ainsi que l’analyse des données.

Les études MEDIBIOTE

Les études MEDIBIOTE ont pour but de caractériser les microbiotes humains et d’identifier des signatures microbiotiques dans de nombreuses pathologies. Ces études visent à faire progresser nos connaissances des microbiotes afin de pouvoir les utiliser comme outil de diagnostic, pronostic mais également dans la prévention des maladies, contribuant ainsi à l’amélioration de la prise en charge du patient par les cliniciens.

Etude MEDIBIOTE 1 : Empreinte microbiotique d’une pathologie : MICI et maladie de Parkinson

De nombreuses maladies chroniques sont aujourd’hui  associées à un déséquilibre  du microbiote intestinal appelé dysbiose. Parmi ces maladies chroniques, on retrouve notamment les MICI (Maladies Inflammatoires Chroniques de l’Intestin) et la maladie de Parkinson pour lesquelles l’implication du microbiote dans l’apparition et la progression des symptômes  semble être un élément clé  dans leur physiopathologie. Ces pathologies sont souvent associées à une inflammation et hyperperméabilité de la muqueuse digestive engendrant ainsi un passage des bactéries intestinales vers le sang (phénomène de translocation bactérienne).
Aujourd’hui, à travers l’étude MEDIBIOTE 1,  notre laboratoire vise à identifier des signatures microbiotiques de ces pathologies ainsi qu’une éventuelle corrélation entre les microbiotes digestifs et sanguins selon l’avancée de la maladie.
Cette étude a démarré récemment.

Etude MEDIBIOTE 2 : Empreinte microbiotique d’une pathologie : Sclérodermie Systémique

La sclérodermie systémique (ScS) est une pathologie auto-immune rare qui n’a à ce jour aucun traitement curatif.  Sa physiopathologie peut se caractériser par une fibrose et une obstruction vasculaire plus au moins sévère au niveau de la peau et d’autres organes (particulièrement l’appareil digestif). Cette maladie est multifactorielle impliquant à la fois des facteurs génétiques et environnementaux dont le microbiote intestinal qui  a été identifié comme élément essentiel dans la survenue et le déclenchement de cette pathologie.
L’étude MEDIBIOTE 2 a pour objectif de définir une signature microbiotique intestinale caractéristique de la ScS. Son caractère longitudinal permettra également d’évaluer la dynamique d’évolution de cette signature à travers la progression de la maladie chez les patients.
Démmarage de l’étude en 2019.

Etude MEDIBIOTE 3 : Empreinte microbiotique d’une pathologie : Spondylarthrite ankylosante

La spondylarthrite ankylosante (SpA) est une maladie inflammatoire chronique des articulations caractérisée par une évolution lente entrecoupée de périodes de poussées et de rémission.  Cette maladie touche essentiellement la colonne vertébrale et le bassin avec un risque cardiovasculaire élevé en cas de mauvaise prise en charge. Des études ont montré d’une part, l’implication de certaines bactéries intestinales dans la survenue et la progression de cette maladie et d’autre part, le rôle du microbiote intestinal dans la prédiction de la réponse au traitement (anti TNF α et anti-IL17).
L’étude MEDIBIOTE 3  a pour but d’étudier de façon longitudinale le microbiote fécal des patients SpA avant et au bout de 3 mois de traitement afin d’identifier la signature microbiotique de la pathologie et mettre en évidence les éventuelles modifications du microbiote suite au traitement.
Démarrage de l’étude en 2019.

Etude MEDIBIOTE 4 : Empreinte microbiotique d’une pathologie : NAFLD et NASH

La stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD) est une pathologie hépatique chronique qui peut progresser vers une stéato-héaptite non alcoolique (NASH). Cette dernière augmente de façon dramatique le risque de cirrhose, d’insuffisance hépatique et de carcinome hépatocellulaire (CHC). Cette maladie ne présente pas de symptômes caractéristiques ce qui rend difficile son diagnostic et sa prise en charge. Des études ont montré que la présence d’une dysbiose au niveau du microbiote intestinal ainsi que le métabolisme bactérien pourrait être impliquée dans la pathogénèse de la NASH. Cette pathologie est souvent associée à une augmentation de la perméabilité intestinale facilitant ainsi le passage des bactéries de l’intestin vers le sang (phénomène de translocation bactérienne).
Aujourd’hui, notre étude MEDIBIOTE 4 vise à étudier la corrélation entre les  microbiotes sanguin et fécal et leur variabilité chez les patients atteints de NAFLD et NASH. En complément, cette étude identifiera également l’évolution des éventuels changements microbiotiques au cours des différents stades de cette pathologie hépatique chronique.
Démarrage de l’étude en 2019.

Les études cliniques dont une des composantes est l’étude des microbiotes

Etude Lupus Living Lab (3L1) et microbiotes salivaire et fécal

Le lupus érythémateux systémique (LES) est une maladie auto-immune rare. Cette pathologie peut toucher l’ensemble du corps avec des manifestations cliniques variées d’un patient à un autre allant de symptômes bénins (atteinte cutanée) à des symptômes plus sévères (atteintes rénale et cardiaque). La diversité des symptômes rend ainsi difficile le diagnostic et la prise en charge des patients.  Des études ont montré l’implication du microbiote intestinal non seulement dans la survenue de la pathologie mais également dans la progression de ses symptômes. De plus, des données récentes ont mis en évidence l’implication du microbiote oral dans cette maladie. Aujourd’hui, le projet 3L1 vise à explorer de façon exhaustive et longitudinale une cohorte de patients lupiques dont le but est de définir et de suivre l’évolution des signatures microbiotiques au niveau intestinal et buccal à travers  la progression de la maladie.

Cette étude investigue également d’autres paramètres, autre que le microbiote, importants dans la compréhension de la pathologie, cependant ils ne sont pas cités dans ce paragraphe. 

Etude Prove et microbiote pulmonaire

Le Syndrome de Détresse Respiratoire Aigu (SDRA) est une affection grave caractérisée par  une défaillance pulmonaire aigue avec un taux de mortalité élevé. A l’heure actuelle aucun traitement pharmacologique efficace n’a été mis au point pour améliorer la prise en charge des patients ainsi que leur qualité de vie. Cependant, différentes techniques de ventilation mécaniques  invasive (VM) constituent aujourd’hui un traitement symptomatique en attendant l’efficacité d’un traitement étiologique. Récemment, l’implication du microbiote pulmonaire dans le développement de SDRA chez des patients bien caractéristiques a été montrée.
L’étude PROVE vise à  étudier de façon exhaustive et longitudinale  le microbiote pulmonaire à partir d’un prélèvement de LBA (Liquide Broncho-Alvéolaire) chez des patients hospitalisés en réanimation, atteints d’un SDRA.  Notre laboratoire souhaite apporter de nouvelles données pouvant contribuer à l’amélioration de la qualité de vie des patients en dégageant des profils d’associations particuliers entre la composition du microbiote et l’efficacité du traitement mécanique.

Cette étude investigue également d’autres paramètres, autre que le microbiote, importants dans la compréhension de la pathologie, cependant ils ne sont pas cités dans ce paragraphe. 

Etude démarrée en 2018.

Etudes à venir

  • Papillomavirus (HPV) et microbiote vaginal
  • Cancer et microbiote fécal
  • Endométriose et microbiote fécal

Nos publications

  • Importance de l’expertise bioinformatique lors de l’analyse du microbiote intestinal. A. Plauzolles, G. Penaranda, E. Toumi, H. Khiri, C. Camus, L. Chiche, F. Retornaz, J. Allardet-Servent et P. Halfon. RICAI, 2017.
  • Microbiote intestinal : Importance de la conservation des selles au cours du temps. A. Plauzolles, E. Toumi, G. Penaranda, H. Khiri, C. Camus, L. Chiche, F. Retornaz, J. Allardet-Servent, P. Halfon. RICAI, 2017.
  • La stabilisation d’un microbiote fécal est fortement influencée par le choix de la solution stabilisante ainsi que la composition bactérienne du microbiote analysé. A. Plauzolles, E. Toumi, B. Goutorbe, G. Penaranda, G. Bidaut, H. Khiri, C. Camus, L. Bruot, M. Bonnet et P. Halfon. MBIO 2018.
  • Microbiota & health: impact of new pipelines in targeted metagenomics. B. Goutorbe, A. Plauzolles, G. Bidaut et P. Halfon. JOBIM, 2018.

Nos participations aux congrès

  • Standardisation sur la stabilisation de l’échantillon – en cours d’écriture
  • Une première étude a mis en évidence une variation du profil microbien en cas d’absence de stabilisation des selles. Cette variation est aléatoire et ne peut être anticipée à l’aide d’un algorithme.
  • Etant donné qu’une étape de stabilisation des selles est essentielle pour obtenir un profil microbien fiable, une deuxième étude a été réalisée afin de tester toutes les solutions stabilisantes disponibles sur le marché. Il a été démontré que l’efficacité de stabilisation différait d’une solution à l’autre, mettant en évidence des biais, avec une surestimation et une sous-estimation de certaines populations bactériennes qui peuvent être significatives. Il est donc important d’avoir conscience des limites qui peuvent être rencontrées et cela met en évidence que l’étape pré-analytique est une étape cruciale dans le protocole d’analyse du microbiote.

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